linux中mpi命令 linux mpu
如何在vmware配置linux下的mpi
虚拟机CentOS中配置MPI多节点并行计算完整版，这是一个新手教程，从一个空白的CentOS到能正常运行的基础环境，尽量详细写了每个步骤
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我的环境如下：
宿主机：Windows 10 Pro
虚拟机：VMware 12 + CentOS 6.6
一、 虚拟机网络配置实现多节点互访
硬件资源有限，所以我只开了两台虚拟机均为 Centos 6.6。
1．修改网卡配置文件
/etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0 将其中内容修改如下：
DEVICE=eth0
HWADDR=00:0C:29:A0:3A:CA
TYPE=Ethernet
UUID=bf583745-f834-451c-890c-39821a590543
ONBOOT=yes
NM_CONTROLLED=yes
BOOTPROTO=static
IPADDR=192.168.207.128
NETMASK=255.255.255.0
DNS1=192.168.207.2
将每一台虚拟机都如此配置，IPADDR是ip地址，不要重复
2．修改网关及主机名
/etc/sysconfig/network
ETWORKING=yes
HOSTNAME=node1
NTPSERVERARGS=iburst
GATEWAY=192.168.207.2
一些文章中提到还需要修改VMware的设置（关闭本地DHCP服务），实际上，Centos 中设置好后就不需要动VMware的设置了
二、 在虚拟机中添加同名用户
在不同节点中需要有同名的用户以方便免密码SSH连接
node1和node2中以root用户执行下列命令
# useradd mpiuser
三、 实现免密码SSH登陆
当前节点为node1，用户为mpiuser，工作目录为 ~ 家目录
1．生成 SSH 私钥对
$ ssh-keygen -t rsa 一路回车就好
2．进入 .ssh 目录
$ cd ./.ssh
3．生成authorized_keys文件
$ cp id_rsa.pub authorized_keys
4．回到mpiuser的家目录
$ cd ~
5．建立本身的信任连接
$ ssh node1
6．设置 node2
$ ssh-keygen -t rsa 生成.ssh文件夹
$ scp node1:~/.ssh/* ./ 拷贝node1上的.ssh文件夹到node2
# scp node1:/etc/hosts /etc/hosts 拷贝node1上的hosts文件到node2，可能需要root权限
$ ssh node2
$ ssh node1
7．如果还有其他节点，设置方法同node2
设置成功后，在任意节点执行SSH连接其他节点都不需要密码，注意必需每个节点都有mpiuser这个用户，之所以使用一个普通用户，是为了避免root执行mpi程序时遇到风险。在一些mpi实现中，也不允许以root用户执行。
四、 配置MPI运行环境
1． 下载 mpich
官方网站 下载其中的mpich-3.2.tar.gz
2． 解压并进入目录
# tar xvf mpich-3.2.tar.gz
# cd mpich-3.2
# ./configure –prefix=/usr/local/mpich
# make
# make install
3． 设置环境变量，修改 /etc/profile ，加入下面几行代码
PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin
MANPATH=$MANPATH:/usr/local/mpich/man
export PATH MANPATH
4． 使刚刚的修改生效
# source /etc/profile
5． mpi多节点配置
新建一个配置文件
# touch /usr/local/mpich/servers
修改其中内容为：
node1:2 #在node1上运行两个进程
node2:2
如果有多个节点继续往下写
五、 单节点测试
将源码包中的 examples 拷贝到 mpich 的安装目录
# cp -r ./examples /usr/local/mpich/
用示例程序进行测试
$ mpirun -np 4 /usr/local/mpich/examples/cpi
Process 1 of 4 is on node1
Process 0 of 4 is on node1
Process 3 of 4 is on node1
Process 2 of 4 is on node1
pi is approximately 3.1415926544231239, Error is 0.0000000008333307
wall clock time = 0.081049
得到如图的回显结果证明mpich的运行环境正常
六、 多节点测试
$ mpiexec -np 4 -f /usr/local/mpich/servers /usr/local/mpich/examples/cpi
Process 1 of 4 is on node1
Process 0 of 4 is on node1
Process 3 of 4 is on node2
Process 2 of 4 is on node2
pi is approximately 3.1415926544231239, Error is 0.0000000008333307
wall clock time = 0.139722
如上，在两个节点上分别运行了两个进程，配置过程到此结束
linux mpi.h一般在哪
linux mpi.h一般在哪？MPI(Message Passing Interface),是一种必须和其它程序语言一起使用的一个接口。mpi.h就是这个接口库的头文件，需要下载并安装这个第三方库，目前主要使用的就是Mpich。1.首先进行解压文件openmpi-1.6.2.tar.gz。 2.然后执行cd openmpi-1.6.2 3.接着执行./configure，一段时间之后发现缺少g++编译器，所以执行sudo apt-get install g++ 4.执行完之后再执行一次./configure就可以配置成功， 5.执行sudo make all in。Linux下MPI环境的安装配置及MPI程序的编译运行，step by step。
下载MPI安装包
去这里下载一个适合的安装包。
安装包的解压
安装包所在的目录下，运行tar xzvf mpich-x.x.x.tgz。
切换到解压出来的包目录下
cd mpich-x.x.x
configure配置编译环境，我这里为它选择了一个安装路径。
Linux/超算中PBS常用命令
新手，纯纯搬运工【出处引用自： 】
1. Linux常用命令
最常用：
ls（英文全拼：list files）：列出目录及文件名
ls -l：列出目录及文件名，可查看更多
ls -al：可以看到隐藏文件
cd（英文全拼：change directory）：切换目录
cd .. ：返回上一级
cd 文件夹名：进入目录
pwd（英文全拼：print work directory）：显示目前的目录
mkdir 文件夹名（英文全拼：make directory）：创建一个新的目录
rmdir 文件夹名（英文全拼：remove directory）：删除一个空的目录
cp xxx xxx（英文全拼：copy file）: 复制文件或目录
mv xxx xxx（英文全拼：move file）: 移动文件或目录，或修改文件或目录的名称
rm（英文全拼：remove）: 删除文件
rm -r 文件夹名：递归删除某目录
clear：清空terminal的所有内容（或者使用Ctrl+L）
tab按键：补充完整文件名或文件夹名
次常用：
vim/vi 某文件 （编辑文件）
nano 某文件 （编辑文件）
touch 文件 （新建空文件）
sudo -s （切换到root模式）
exit （退出root模式等）
sudo chmod -R 755 文件名/文件夹名 （获取文件/文件夹的755权限）
chown [用户] [文件或目录] （改变文件或目录的所有者）
chgrp [用户组] [文件或目录] （改变文件或目录的所属组）
make （编译成.exe）
解压/解包：
tar文件 （注：tar是打包，不是压缩！）
解包：tar xvf FileName.tar
打包：tar cvf FileName.tar DirName
.gz文件
解压1：gunzip FileName.gz
解压2：gzip -d FileName.gz
压缩：gzip FileName
.tar.gz 和 .tgz文件
解压：tar zxvf FileName.tar.gz
压缩：tar zcvf FileName.tar.gz DirName
安装和卸载deb软件包：
安装：sudo dpkg -i deb文件
查看：sudo dpkg -l
卸载：sudo dpkg -r 软件名
参考资料：
[1] Linux 教程
[2] Linux常用命令
[3] linux中tar命令的用法
[4] 全网最全Linux命令总结
2. vim/vi里的操作
:q 退出
:wq 保存并退出
:w 保存
:q! 强行退出（不保存退出）
:w! 强行保存
i 进入编辑，转为输入模式（光标前面）
a 进入编辑，转为输入模式（光标后面）
o 进入编辑，转为输入模式（光标下方新建一行）
Esc 退出i（插入）命令
3. 超算中PBS常用命令
pbsnodes （查看所有节点）
pbsnodes -l free （查看空闲节点）
pbsnodes 某节点 （查看某节点状态）
ssh 某节点 （转到某节点）
exit （离开节点）
qsub 文件名.pbs/sh （提交任务）
qstat （列出状态）
qstat -q （列出队列）
qstat -n （列出队列中使用的节点）
qstat -f jobid （查看jobid任务的详细信息）
qdel jobid （取消任务）
4. 其他
（1）Linux开机自启
sh文件中包含：
#!/bin/bash#chkconfig: 2345 80 90#description:auto_run
sh文件移动到/etc/init.d后，分别输入命令：
chkconfig --add xxx.sh
chkconfig --list
chkconfig xxx.sh on
service xxx.sh start
参考资料： linux 开机启动 .sh 文件 - 自己的太阳 - 博客园
（2）Linux环境变量
方法1：临时使用环境变量：export PATH="/home/www/anaconda3/bin:$PATH"
方法2：修改.bashrc文件
参考资料： Linux PATH 作用以及查看和修改方法_haozhepeng的专栏
（3）两个sh文件
a.sh文件（用于提交任务，执行a.py文件）
#!/bin/sh#PBS -N task#PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -q scorecd $PBS_O_WORKDIRexport OMP_NUM_THREADS=1python a.py
a.sh文件（用于提交任务，执行a.exe文件）
#!/bin/sh#PBS -N task#PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -q scorecd $PBS_O_WORKDIRexport OMP_NUM_THREADS=1./a.exe
（4）一个makefile文件
makefile文件（用于编译Fortran文件）
INC := -I/public/software/compiler/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/include/intel64/lp64
LIB := -L/public/software/compiler/intel/composer_xe_2015.2.164/mkl/lib/intel64
mpi:= -I/public/software/mpi/mpich/3.1.4/intel/include /public/software/mpi/mpich/3.1.4/intel/lib -lmpich -limf -lsvml -lintlc
src:=Console1exec:=a
all: $(src).f90
ifort $(src).f90 $(INC) $(LIB) -openmp -lmkl_intel_lp64 -Wl,--start-group -lmkl_intel_thread -lmkl_lapack95_lp64 -lmkl_core -lmkl_blas95_lp64 -Wl,--end-group -liomp5 -lpthread -O2 -o $(exec).exe
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