如何用R语言XML包获得html文件中的表格
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使用snpEff软件对vcf格式文件进行注释后会生成一个snpEff_summary.html;这个文件是对vcf格式文件中的内容进行的统计，结果会以表格和图片的形式在html文件里展示。我现在想把html中的数据提取出来，自己来做图。
https://stackoverflow.com/questions/14517732/how-to-get-table-data-from-html-table-in-xml
How to get table data from html table in xml
使用到的R语言代码
library(XML)
doc<-htmlParse("snpEff_summary.html")
total_table<-getNodeSet(doc,"//table")
# 以上代码是固定的写法
# 下面的代码想获得第几个表格，中括号中的数字就改成几
df3<-readHTMLTable(total_table[[3]])
df3
class(df3)
结果以数据框的形式存储
vcftools --vcf input.vcf --min-alleles 2 --max-alleles 2 --recode --recode-INFO-all --out output_vcf_prefix
vcftools的帮助文档
--min-alleles
--max-alleles
Include only sites with a number of alleles greater than or equal to the "--min-alleles" value and less than or equal to the "--max-alleles" value. One of these options may be used without the other.
For example, to include only bi-allelic sites, one could use:
vcftools --vcf file1.vcf --min-alleles 2 --max-alleles 2到此，相信大家对“如何用R语言XML包获得html文件中的表格”有了更深的了解，不妨来实际操作一番吧！这里是创新互联网站，更多相关内容可以进入相关频道进行查询，关注我们，继续学习！
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