DiseaseMeth数据库有什么用

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DNA甲基化作为表观遗传的一种标记,在生长发育和疾病发生过程中扮演着重要角色。随着大规模甲基化研究的进行,积累了大量疾病相关的甲基化数据,DiseaseMeth就是一个保存了人类疾病相关的甲基化信息的数据库。

官网地址如下

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/diseasemeth/

DiseaseMeth数据库中,甲基化数据的类型包括两大类别

  1. 芯片

    对于DNA甲基化芯片,除了27K450K这两种常见的illuminaDNA甲基化芯片,还有其他定制的芯片,比如illumina GoldenGate Methylation Cancer Panel I

  2. NGS

    高通量测序主要就是包含WGBSRRBS两种数据。

详细的信息如下:

DiseaseMeth数据库有什么用
Array-based主要包括了27K450K,其中27K为8.6, 450K为9.3;NGS-based主要包括了WGBSRRBS,WGBS为3.9,RRBS为4.3。

对于疾病,包含下列7种类型:

  1. Cancer

  2. Genetic Disorder

  3. Metabolic Disorder

  4. Autoimmune Disease

  5. Neurolobical Disease

  6. Imflammation

  7. Others

其中Cancer类型的数据最多,详细信息如下:

DiseaseMeth数据库有什么用

利用这个数据库,我们可以根据疾病或者基因检索相关信息。以基因DEFB119为例,该基因相关疾病的检索结果如下

DiseaseMeth数据库有什么用

从检索结果中,我们可以得到该基因相关的疾病,以及在该疾病中,这个基因的甲基化水平是上升还是降低。

对于相关疾病,还有热图数据可以下载

DiseaseMeth数据库有什么用

通过这个数据库,我们可以检索已有的对于某种疾病或者某个基因甲基化的研究结果。

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