find_circ中如何识别环状RNA
今天就跟大家聊聊有关find_circ中如何识别环状RNA，可能很多人都不太了解，为了让大家更加了解，小编给大家总结了以下内容，希望大家根据这篇文章可以有所收获。
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1. 比对参考基因组
官方的pipeline使用的是bowtie2软件，代码如下
bowtie2 -p16 \ --very-sensitive \ --score-min=C,-15,0 \ --mm \ -x hg19 -q \ -1 R1.fastq.gz -2 R2.fastq.gz \ 2> bowtie2.log \ | samtools view -hbuS - \ | samtools sort - accepted_hits
最终生成了一个排序之后的bam文件，其实这一步选择其他的比对软件，比如hisat也是可以的，只需要产生bam文件就可以了。
2. 提取没比上参考基因组的序列
采用samtools软件提取没比对上的序列，代码如下
samtools view -hf 4 accepted_hits.bam | samtools view -Sb - > unmapped.bam
3. 从序列两端提取锚点序列
代码如下
unmapped2anchors.py unmapped.bam anchor.fq
4. 将锚点序列比对参考基因组
bowtie2 -p 16 \ --reorder \ --mm \ --score-min=C,-15,0 \ -q -x human_bowtie2_index \ -U anchor.fq \ -S align.sam
5. 预测circRNA
代码如下
cat align.sam | find_circ.py -G hg19.fa -p hsa_ > splice_sites.bed
结果如下所示
-p参数指定的是第四列内容的前缀，建议指定为物种对应的三字母缩写，需要注意的是，在sites.bed中同时包含了环状RNA和线性RNA,环状RNA的名称用circ标识，线性RNA的名称用norm标识。
6. 结果筛选
根据以下规则对结果进行筛选
根据关键词CIRCULAR筛选环状RNA
去除线粒体上的环状RNA
筛选unique junction reads数至少为2的环状RNA
去除断裂点不明确的环状RNA
过滤掉长度大于100kb的circRNA,这里的100kb为基因组长度，直接用环状RNA的头尾相减即可
代码如下
grep CIRCULAR splice_sites.bed | \ grep -v chrM | \ awk '$5>=2' | \ grep UNAMBIGUOUS_BP | \ grep ANCHOR_UNIQUE | \ ./maxlength.py 100000 \ > circ_candidates.bed
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