怎样从UCSC下载基因组的GTF文件
怎样从UCSC下载基因组的GTF文件，针对这个问题，这篇文章详细介绍了相对应的分析和解答，希望可以帮助更多想解决这个问题的小伙伴找到更简单易行的方法。
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从UCSC下载基因组的GTF文件有两种方式，一种是利用table browser 浏览器，另外一种是通过FTP服务。
1. Table Browser
Table Browser提供了一个检索和下载的入口，支持多种格式的下载，下载gtf文件只是其中一个功能，网址如下
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables
第一行的3个标签用于确定确定物种和版本。clade提供了物种分类，包括以下类型
Mammal 哺乳动物
Vertebrate 脊椎动物
Deuterostome 后口动物
Insect 昆虫
Nematode 线虫
Viruses 病毒
other 其他
从这里的类别也可以发现，UCSC主要提供了动物的基因组，如果想要下载植物基因组的相关文件，只能考虑NCBI，Ensembl了。根据clade的类别，可以快速查找物种。genome选择对应的物种名字，assembly选择基因组版本。
group用于选择文件保存信息的类型，提供了以下类型
Mapping and Sequencing
Genes and Gene Predictions
Phenotype and Literature
mRNA and EST
Expression
Regulation
Comparative Genomics
Variation
Repeats
All Tracks
All Tables
GTF文件保存的是基因和转录本的结构信息，所以选择2，track选择对应的数据库和版本，通常选择NCBI RefSeq。
table选择数据，对于NCBI RefSeq, 提供了如下选择
RefSeq All
RefSeq Curated
RefSeq Predicted
UCSC RefSeq
RefSeq All代表RefSeq中所有的转录本信息，RefSeq Curated代表核对过的数据，可信度较高，以NM, NR, YP开头，RefSeq Predicted代表预测的数据，以XM, XR开头；UCSC RefSeq 代表所有以NM, NR开头的转录本信息。通常选择UCSC RefSeq即可。
region选择下载的区域，是选择整个基因组，还是只是染色体上的部分区域。output format选择输出文件格式，常用的有以下两种
GTF(limited)
BED
output file指定输出文件的名字，如果不指定，默认会显示在浏览器中共，如果下载整个基因组的信息，建议填写输出文件的名字，file type returned选择返回文件的格式，支持返回压缩文件。
通过简单的勾选，就可以下载到GTF文件了。但是这种方式下载的GTF文件是有限制的，只包含了转录本ID, 示例如下
chr1 hg38_refGene exon 11106531 11107500 0.000000 - . gene_id "NM_004958"; transcript_id "NM_004958";
转录本对应的基因名称时非常重要的信息，如果要解决这个问题，可以通过FTP服务器进行下载。
2. FTP
UCSC的FTP服务提供了物种的注释文件供下载，hg38的FTP地址如下
http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/
但是FTP中并没有直接提供bed12, gtf 格式的文件，因为这些格式存在冗余信息，文件大小会比较大。为例节省磁盘空间，UCSC提出来genePred这种格式。这种格式每一行代表一个转录本信息，冗余信息较少。更多的介绍可以参考官方文档
https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format9
UCSC RefSeq这种信息对应的文件为refGene.txt.gz, 对于该文件，需要借助UCSC官方提供的格式转换工具转换为gtf格式。
其中genePredToGtf就是把genepred格式转换为gtf格式的工具。使用方式如下
wget http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/refGene.txt.gz gunzip refGene.txt.gz cut -f 2- refGene.txt | genePredToGtf file stdin -source=hg38_Ref hg38.gtf
refGene.txt的第一列信息是多余的，删除之后，整个文件就是genePred格式了。最终生成的文件如下
chr20 hg19_Ref exon 63865228 63865384 . + . gene_id "TPD52L2"; transcript_id "NM_003288"; exon_number "1"; exon_id "NM_003288.1"; gene_name "TPD52L2";
可以看到，gene_id的信息是有了。但是还是有点不足之处，相比NCBI和Ensembl, UCSC提供的GTF文件中共缺少了gene_biotype的信息，无法确定基因类型。
关于怎样从UCSC下载基因组的GTF文件问题的解答就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，如果你还有很多疑惑没有解开，可以关注创新互联行业资讯频道了解更多相关知识。
当前名称：怎样从UCSC下载基因组的GTF文件
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