怎么使用R语言ggtree展示进化树

今天就跟大家聊聊有关怎么使用R语言ggtree展示进化树,可能很多人都不太了解,为了让大家更加了解,小编给大家总结了以下内容,希望大家根据这篇文章可以有所收获。

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今天要模仿的图片来自于论文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions and strain variability in fish。期刊是 Nature microbiology

怎么使用R语言ggtree展示进化树  
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今天重复的图片是Figure1中的聚类树图

怎么使用R语言ggtree展示进化树  
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 论文中写道

Hierarchical clustering dendrogram with jackknife support (numbers on the branches; only values above 50 are shown in the tree).

所以论文中实际的数据做的是聚类分析,而并不是进化树。他这里做聚类分析也能够获得每个节点对应的支持率。这个如何实现我暂时还不知道。为了模仿这个图,下面的输入数据我直接使用进化树文件了,因为构建进化树的时候能够很方便的获得节点的支持率信息。

 首先准备构建进化树需要用到的fasta格式序列文件

这里用到的数据集来自 网址 https://www.kuleuven.be/aidslab/phylogenybook/Data_sets.html

怎么使用R语言ggtree展示进化树  
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这本 The Phylogenetic Handbook second edition不知道大家有没有电子版可以分享呀!

 首先是做多序列比对,这里我使用mafft
mafft --auto ggtree_practice.fasta > ggtree_practice_aligned.fasta
   构建进化树,我是用iqtree
iqtree -s ggtree_practice_aligned.fasta -bb 1000
 

得到树文件ggtree_practice_aligned.fasta.treefile

 

接下来是在R语言里的操作

 首先是准备一个分组的数据文件

数据总共三列

  • 第一列是 构建进化树用到的fasta文件的序列名,这里注意列明用label,不要用其他
  • 第二列是分组信息,用来填充不同的颜色
  • 第三列也是分组信息,用来映射形状

第二列和第三列的列名就是图例上想显示什么就用什么

怎么使用R语言ggtree展示进化树  
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 加载需要用到的包
library(ggtree)
library(treeio)
library(tidytree)
 
  • treeio用来读入进化树
  • tidytree用来将分组信息整合给进化树
  • ggtree用来可视化展示进化树
 读入进化树和分组信息数据

tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile",
                  node.label = "support")
d<-read.csv("ggtree_group_info.csv",header=T)
d
   将树文件和分组信息整合到一起
trs<-full_join(tree,d,by='label')
   去掉支持率小于50的信息
tree@data$support<-ifelse(tree@data$support<50,NA,tree@data$support)
   最后一步就是画图了
ggtree(trs,layout = "circular",branch.length = "none")+
  #geom_tiplab(offset = 0.01)+
  geom_tippoint(aes(shape=Diet,color=Gut.compartment),
                size=5)+
  scale_shape_manual(values = c(16,17,18,15))+
  geom_text2(aes(label=support,angle=angle),hjust=-0.2)+
  scale_color_manual(values = c("#800080","#ff8000","#008080"),
                     name="Gut_compartment")+
  guides(color=guide_legend(order = 1))
 
怎么使用R语言ggtree展示进化树看完上述内容,你们对怎么使用R语言ggtree展示进化树有进一步的了解吗?如果还想了解更多知识或者相关内容,请关注创新互联行业资讯频道,感谢大家的支持。

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